Bầu cử được tiến hành vào ngày 7 tháng 2 năm 1986.[34] Ủy ban Bầu cử (COMELEC) tuyên bố Marcos giành chiến thắng. Kết quả kiểm phiếu chung cuộc của COMELEC cho rằng Marcos chiến thắng với 10.807.197 phiếu so với 9.291.761 phiếu của Corazon Aquino. Tuy nhiên, dựa trên công bố kết quả của 70% khu vực tuyển cử[37], Phong trào Quốc gia vì Bầu cử Tự do (NAMFREL) thì cho rằng Aquino giành chiến thắng với 7.835.070 phiếu so với 7.053.068 phiếu của Marcos.[38]

Việc tiến hành bầu cử bị ảnh hưởng do các tường thuật phổ biến về bạo lực và giả mạo kết quả bầu cử, mà đỉnh điểm là việc 35 kỹ thuật viên máy tính COMELEC đình công để phản đối các thao tác có chủ ý kết quả bầu cử chính thức để có lợi cho Ferdinand Marcos. Cuộc đình công được nhận định là một trong các "tia lửa" ban đầu của Cách mạng Quyền lực Nhân dân.

Do các báo cáo về cáo buộc gian lận, Hội đồng Giám mục Công giáo Philippines (CBCP) thông qua Tổng giám mục Ricardo Vidal ban hành một tuyên bố chỉ trích bầu cử. Thượng nghị viện Hoa Kỳ cũng thông qua một nghị quyết có chỉ trích tương tự.[34] Tổng thống Hoa Kỳ Ronald Reagan ra tuyên bố gọi các báo cáo gian lận là "đáng lo ngại" song ông nói rằng tồn tại gian lận "trong cả hai phía" trong bầu cử Philippines.[39][40] Đáp lại các phản đối, COMELEC tuyên bố Marcos chiến thắng với 53% số phiếu trước Aquino. Tuy nhiên, NAMFREL lại cho rằng Aquino giành chiến thắng trước Marcos với 52% số phiếu.[41]

Ngày 15 tháng 2, Marcos được COMELEC và Batasang Pambansa tuyên bố giành chiến thắng trong lúc có tranh cãi. Toàn bộ 50 thành viên đối lập trong Nghị viện đình công nhằm phản đối. Người dân Philippines từ chối chấp thuận kết quả, quả quyết rằng rằng Aquino là người chiến thắng thực sự. Cả hai "người chiến thắng" đều tuyên thệ nhậm chức tại hai địa điểm khác nhau, trong đó Aquino giành được ủng hộ lớn hơn của quần chúng. Aquino cũng kêu gọi đình công có phối hợp và tẩy chay hàng loạt các cơ quan truyền thông và doanh nghiệp do bạn thân của Marcos sở hữu. Do đó, nhiều ngân hàng, tập đoàn và cơ quan truyền thông bị ảnh hưởng nặng, và phần của họ trên thị trường chứng khoán rơi xuống mức kỷ lục.

Bất chấp nhận thức phổ biến rằng Marcos gian lận bầu cử, một số người cho rằng Marcos là người bị gian lận bởi NAMFREL do số phiếu tại khu vực miền bắc vốn là thành trì của ông được chuyển đến rất muộn tại trung tâm lập bảng. Số phiếu tại vùng Ilocos đủ để áp đảo thế dẫn trước của Cory tại Metro Manila và các địa phương khác.[42] Cựu phóng viên của tạp chí Asiaweek là Tony Lopez nói rằng sau khi Cory nắm quyền tổng thống, NAMFREL tiến hành kiểm lại phiếu bầu bầu cử. Kết quả kiểm phiếu vẫn cho thấy Marcos là người chiến thắng thực sự song chỉ dẫn trước 800.000 phiếu.[43]

Tổng giám mục Vidal sau kết quả bầu cử đã ra tuyên bố nhân danh giáo sĩ Giáo hội Philippines nói rằng "một chính phủ không tự mình sửa chữa cái xấu họ gây ra cho nhân dân thì đó là một nghĩa vụ đạo đức quan trọng của chúng tôi do là người để nó như vậy." Tuyên bố cũng yêu cầu "mọi thành viên trung thành của Giáo hội, mọi cộng đồng tín hữu, hình thành phán đoán của họ về bỏ phiếu ngày 7 tháng 2" và nói với tất cả người Philippines, "Hiện là lúc cất tiếng. Hiện là lúc sửa sai. Sai trái được sắp xếp có tổ chức. Do đó phải sửa chữa nó. Tuy nhiên trong bản thân bầu cử, vốn phụ thuộc hoàn toàn vào người dân; dựa trên điều họ ước muốn và sẵn sàng thực hiện."[44]